商业保函，是由除银行以外的，实力雄厚的商业机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函，是商业机构信用担保。
区别就是银行保函是以银行信用为担保，承担人是银行。而商业保函是以商业机构信用为担保，承担人是商业机构。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书，其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
公司保函就是担保公司开的保证书，即担保公司保函，又称为商业保函。
担保公司保函和银行保函具有相同的法律效力，且担保公司保函具有费用低，格式灵活，付款方式灵活，办理周期短等优点。采用担保公司保函代替银行保函能降低成本，节约时间。
担保公司保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出具的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。
目前国内银行保函大多用担保公司在银行授信开出，能开银行履约保函的，基本上只有建行，平安，光大等。部分招标文件要求开到基本户，涉及到银行保函的转开，只能建行操作。
通过担保公司办理银行保函不需要存全额保证金，只需要缴纳很低一部分费用即可。银行保函办理周期更长，费用相对更高。担保公司保函出函速度更快，费用低，办理灵活。
商业保函是由非融资性担保公司开具的。
首先担保公司保函和银行保函具备相同的法律效力，承担的责任相同，可以完全互换。区分担保公司保函和银行保函就看该保函是谁出具的，即有相关机构的公章及相关代表人签字或印章。