合同约定：预付款保函是为保障基础交易合同中预付款的而设立的，合同双方可根据交易的具体安排和需求，在合同中约定预付款保函的期限。比如在大型设备采购合同中，双方可根据设备生产周期、运输时间等因素，协商确定预付款保函的期限。
双方意愿：申请人和受益人作为保函的主要利益相关方，若基于自身利益考虑和实际业务情况，经协商达成一致，就可以对保函期限进行调整。例如，申请人希望缩短保函期限以减少担保责任时间，而受益人在评估风险后也同意，那么就可以进行相应调整。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
从常见商业实践看
在实际商业活动中，预付款保函期限超过预付款使用期限是较为常见的做法。一般会根据合同的整体期限、项目的复杂程度等因素来综合确定保函期限。比如在一些大型设备采购项目中，预付款使用期限可能在设备生产阶段，但保函期限通常会延长至设备交付后的一定质保期内，以保证在整个交易过程中受益人的权益都能得到有效保障。